Do chủ đầu tư dự án Thủy điện Bắc Mê vi phạm một số quy định về quản lý nhà nước đối với hoạt động xây dựng và truyền phát điện năng, ngày 28/9/2017 UBND tỉnh Hà Giang đã có văn bản số 3918/UBND-KTN Đề nghị xem xét không tiếp nhận điện năng phát ra từ nhà máy thủy điện Bắc Mê. Việc tích nước lòng hồ và xả nước đã khiến sạt lở một số bờ sông thuộc quốc lộ 34 Hà Giang – Cao Bằng [5].